Правила регистрации счетов-фактур в Журнале учета и Книге продаж определены постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 (в ред. постановления Правительства РФ от 19.08.2017 № 981).

Счета-фактуры, составленные на бумажном носителе или в электронном виде, регистрируются в едином порядке (п. 3 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, п. 2 Правил ведения книги продаж), однако, продавец должен учитывать некоторые особенности регистрации электронных счетов-фактур.

С 01.01.2015 г. согласно п. 3.1 ст. 169 НК РФ журнал учета счетов-фактур обязаны вести только налогоплательщики, в том числе освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, и лица, не являющиеся налогоплательщиками, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции, а также при выполнении функций застройщика в отношении указанной деятельности.

В части 1 "Выставленные счета-фактуры" Журнала учета:

• в едином порядке регистрируются бумажные и электронные счета-фактуры, составленные за истекший налоговый период (п. 3 Правил ведения журнала учета);
• если комитент (принципал), покупатель (клиент, инвестор) не получили от комиссионера (агента), экспедитора, застройщика или заказчика, выполняющего функции застройщика, счет-фактуру в электронном виде, допускается составление комиссионером (агентом), экспедитором, застройщиком или заказчиком, выполняющим функции застройщика, такого счета-фактуры на бумажном носителе. В этом случае комиссионер (агент), экспедитор, застройщик или заказчик, выполняющий функции застройщика, регистрируют только выставленный счет-фактуру на бумажном носителе (п. 4 Правил ведения журнала учета).

В Книге продаж:

• бумажные и электронные счета-фактуры подлежат единой регистрации в хронологическом порядке в том налоговом периоде, в котором возникает налоговое обязательство (п. 2 Правил ведения книги продаж);
• если покупатель не получил о продавца электронный счет-фактуру, а продавец при повторном направлении внес в него исправления до окончания налогового периода, то и первоначально составленный счет-фактура, и исправленный регистрируются в книге продаж с последующим аннулированием в книге продаж записи по первоначальному счету-фактуре (п. 5 Правил ведения книги продаж);
• если покупатель не получил от продавца электронный счет-фактуру, а продавец при повторном направлении внес в него исправления после окончания налогового периода, то первоначально составленный счет-фактура регистрируется в книге продаж, а исправленный - в дополнительном листе книги продаж. После регистрации нового исправленного экземпляра счета-фактуры запись по первоначальному счету-фактуре аннулируется в дополнительном листе книги продаж (п. 5 Правил ведения книги продаж);
• если покупатель не получил от продавца корректировочный счет-фактуру в электронном виде, составленный при увеличении стоимости, а продавец при повторном направлении внес в него исправления до окончания налогового периода, то в книге продаж регистрируются и первоначально составленный корректировочный счет-фактура, и исправленный корректировочный счет-фактура с последующим аннулированием в книге продаж записи по первоначально составленному корректировочному счету-фактуре (п. 6 Правил ведения книги продаж);
• если покупатель не получил от продавца корректировочный счет-фактуру в электронном виде, составленный при увеличении стоимости, а продавец при повторном направлении внес в него исправления после окончания налогового периода, то первоначально составленный корректировочный счет-фактура регистрируется в книге продаж, а исправленный корректировочный счет-фактура - в дополнительном листе книги продаж. После регистрации нового исправленного экземпляра корректировочного счета-фактуры запись по первоначальному корректировочному счету-фактуре аннулируется в дополнительном листе книги продаж (п. 6 Правил ведения книги продаж).